Susurluk 

Adı ilk kez Susurluk davası ile gündeme gelen Küçük, Abdullah Çatlı'nın ölmeden önce telefonla görüştüğü son kişiydi.TBMM Susurluk Komisyonu Başkanı Mehmet Elkatmış, Genelkurmay Başkanlığı`nın Veli Küçük`ün komisyona ifade vermesine gerek olmadığı yönünde karar aldığını ve bundan dolayı komisyona çağrılmadığını söylemiştir. Bu dönemde davanın kilit isimlerinden Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım'ın kullandığı cep telefonunun Küçük'ün üzerine kayıtlı olduğu saptanmıştı.

Adı Ermenistan'a yönelik kontrgerilla örgütlenmesine de karışmıştır. Kızılelma koalisyonunun mimarlarındandır. Hrant Dink'in 301'den yargılanmasında baş rolü oynayan Kemal Kerinçsiz ile birçok defa görüntülenen Küçük, Dink'in avukatı Erdal Doğan'ın iddialarına göre Dink'i telefonla tehdit etmişti. Üzeyir Garih cinayetinde de kendisine bağlı askeri personelin dahli olduğu iddiaları vardır. Finansbank'ın da dahil olduğu Fiba Holding'e bağlı Endi market firmasında yönetim kurulu üyeliği yapan Veli Küçük'ün, Finansbank'ın Yunan Kilisesinin Bankası'na satışı konusunda Hüsnü Özyeğin'e yardımcı olduğu da iddia edilmektedir